Lisans eğitimini 2004 yılında Boğaziçi Üniversitesi Edebiyat Fakültesi Felsefe Bölümü’nde tamamlamıştır. Lisans eğitiminin ardından disiplinlerarası çalışmalara yönelen Beşer, 2007 yılında İstanbul Bilgi Üniversitesi’nde İşletme alanında yüksek lisans yapmıştır.
Doktora eğitimini İstanbul Üniversitesi Felsefe Bölümü’nde tamamlamış ve 2015 yılında doktora unvanını almıştır. Doktora tezinde Leo Strauss’un İslam felsefesi yorumunu ve bu yorumun felsefi etkilerini inceleyerek Antik Yunan felsefesi, İslam felsefesi ve siyaset felsefesi arasındaki ilişkileri ele almıştır.
Akademik kariyerine Trakya Üniversitesi’nde devam eden Beşer, 2013–2016 yılları arasında Trakya Üniversitesi Rektörlüğü’nde uzman olarak görev yapmıştır. 24 Şubat 2016 tarihinde Trakya Üniversitesi Edebiyat Fakültesi İnsan ve Toplum Bilimleri Bölümü’ne Yardımcı Doçent Doktor olarak atanmıştır. 2021 yılında Doktor Öğretim Üyesi unvanını alarak Trakya Üniversitesi Edebiyat Fakültesi Sosyoloji Bölümü’nde görev yapmaya başlamıştır.
Üniversite bünyesinde çeşitli akademik ve idari görevler üstlenen Ali Sertan Beşer; Sosyoloji Bölüm Başkanlığı ve Bölüm Başkan Yardımcılığı görevlerinde bulunmuş, Fakülte Kurulu Üyeliği yapmıştır. Ayrıca Sosyal Bilimler Enstitüsü İnsan ve Toplum Araştırmaları Anabilim Dalı Başkanlığı görevini yürütmüş; Edebiyat Fakültesi Dergisi’nde alan editörü olarak görev almıştır. Kalite Komisyonu üyeliği ile Mevlana Değişim Programı bölüm koordinatörlüğü görevlerini sürdürmektedir.
Ulusal ve uluslararası hakemli dergilerde yayımlanmış çok sayıda makalesi bulunan Beşer’in çalışmaları özellikle Antik Yunan felsefesi, Leo Strauss düşüncesi, İslam felsefesi, siyaset felsefesi ve Descartes felsefesi üzerine yoğunlaşmaktadır. Bunun yanı sıra varoluşçuluk, postmodernizm, tarih, ekonomi, kozmoloji ve sanat felsefesi gibi alanlarla da ilgilenmektedir. Kitap bölümleri, bildiriler ve çeviri çalışmalarıyla da akademik üretimini sürdüren Ali Sertan Beşer, Seyyid Hüseyin Nasr’ın Modern Dünyada Geleneksel İslam adlı eserini Türkçeye kazandırmıştır. Ayrıca yüksek lisans düzeyinde çok sayıda teze danışmanlık yapmıştır.
Dr. Öğr. Üyesi Ali Sertan Beşer, Trakya Üniversitesi’nde lisans ve lisansüstü düzeyde Bilim Etiği, Bilimsel Araştırma Teknikleri, Descartes Okumaları, Varoluşçuluk, Felsefeye Giriş, Eleştirel Düşünce, Felsefe ve Tarih ile Felsefe ve Tıp gibi dersler vermekte; akademik çalışmalarını eğitim, araştırma ve idari görevler çerçevesinde sürdürmektedir.